L’edificio, benché danneggiato dal sisma del giugno 1873 e da poco restaurato, venne scelto come sede del museo dal Consiglio Comunale e fu successivamente aperto al pubblico dal 1876.
All’esterno è ornato da una fila di epigrafi dedicatorie con stemmi dei benefattori (rettori veneti, vescovi e cittadini) che lasciarono in gestione al Collegio un cospicuo patrimonio con cui esso esercitò funzioni di pubblica assistenza a favore di numerose categorie di bisognosi fino alla caduta di Venezia.
Dal 26 gennaio 2017 sono qui ospitate solamente le collezioni archeologiche della città.
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